MySQLをソースからコンパイルする場合、デフォルトではInnoDBは有効になりません。
次のコンパイルオプションを指定します。
--with-plugins=innobase
http://dev.mysql.com/doc/refman/5.1/en/configure-options.html
http://dev.mysql.com/doc/refman/5.1/ja/configure-options.html
MySQL5.1系の途中から、何らかのコンパイルオプションでInnoDBを有効にするようになっているようです。
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